Baterie kondensatorów powinny być chronione od skutków uszkodzeń wewnętrznych oraz zwarć międzyfazowych. Przebicie pewnej liczby elementów składowych jednostki kondensatorowej może spowodować rozerwanie kadzi kondensatora i uszkodzenie innych jednostek znajdujących się w pobliżu. Ponieważ przebicie jednego lub kilku elementów wewnątrz kondensatora powoduje nieznaczny wzrost prądu, zapewnienie skutecznej ochrony przez stosowanie normalnych zabezpieczeń przetężeniowych nie jest możliwe. Najlepiej do tego celu nadają się specjalne układy różnicowe zabezpieczeń.